Risiko adalah suatu kejadian yang merugikan yang peluang kejadiannya dan hasilnya dapat diukur atau diketahui secara pasti. Seorang pengambil keputusan yang menggunakan analisis manfaat biaya proyek harus mengakomodasi risiko dalam analisisnya karena dalam pengambilan keputusan suatu proyek dilakukan melalui analisis keuangan baik inflow (penerimaan) maupun outflow (pengeluaran) yang kemudian dilakukan pengambilan keputusan.
Dalam melakukan analisis keuangan tersebut umumnya dilakukan dengan melakukan estimasi (perkiraan) yang dilakukan oleh analis. Karena analisis yang dilakukan hanya berupa perkiraan atau estimasi, maka dalam pelaksanaannya atau implementasi proyek pasti memiliki hasil yang tidak selalu sama dengan perkiraan atau estimasi yang telah dilakukan. Oleh karena itu, perlu mengakomodasi adanya risiko dalam analisis manfaat biaya proyek agar dalam pelaksanaan proyek tersebut tidak mengalami kerugian.
Perlunya akomodasi risiko dalam analisis manfaat biaya proyek khususnya untuk proyek di bidang pertanian karena proyek pertanian selalu dihadapkan dengan terjadinya risiko yang ditunjukkan dengan adanya fluktuasi. Fluktuasi yang terjadi dalam proyek pertanian antara lain fluktuasi hasil produksi (risiko produksi) yang disebabkan oleh cuaca atau faktor lain serta adanya gejolak harga baik harga ourput atau pun harga input produksi (risiko pasar).
Adanya risiko produksi maupun risiko pasar bisa merugikan dalam implementasi proyek tersebut. Oleh karena beberapa alasan tersebut, dalam analisis manfaat biaya proyek perlu mengakomodasi risiko yang ditunjukkan oleh adanya gap atau fluktuasi dari output yang dihasilkan, harga inpot dan harga output. Risiko dalam analisis manfaat biaya dapat diakomodasi melalui analisis sensitivitas, switching value, analisis expected return (E(NPV)) serta joint probability distribution.
